Bert werd geboren te Lunteren en al op jonge leeftijd   bleek hij over muzikale gaven te beschikken. Bert begon met zijn studie aan het Conservatorium te Utrecht. Daar studeerde hij achtereenvolgens bij Theo Teunissen, Kees van Houten en Jan Raas, waar hij ook afstudeerde.

Als organist is Bert Elbertsen verbonden aan vele koren, waaronder de "Verenigde Veluwse Koren", het "Streekmannenkoor" en het christelijk gemengd koor "Con Amore" beide uit Nijkerk, het christelijk mannenkoor "Fontanus" uit Putten en tot slot het "Ermelo’s MannenKoor". Daarnaast is hij de vaste organist in de Nieuwe Kerk in Ermelo en in de Maranathakerk in Lunteren.

Met diverse koren maakte Bert een concerttour naar o.a. Canada, Hongarije en Roemenië. Met het Ermelo's MannenKoor maakte hij in 2001 een succesvolle concertreis naar Canada. Buiten deze reizen om speelde hij op diverse orgels in Frankrijk, Engeland, Amerika en Duitsland.